不难发现，经过十几年的努力，绿色水处理剂的研究也取得了一定的成果，但是其中所存在的问题也是在所难免的，主要表现在两个方面： 

　　（一）二次污染问题 

　　我们知道，水处理剂中的绝大部分组成是絮凝剂和凝聚剂，其中无机聚合物和聚丙烯酰胺又占到了它们组成的一半，由于这两种化合物可能给人的健康造成伤害，加上它们与水中的腐蚀物质相互溶解，可能导致自来水变成颜色水，特别是铁盐絮凝剂中的物质容易变质，从而产生二次污染，这些污染物由于有极强的腐蚀性，所以容易造成水处理机器或设备的损坏。另外，产生的铝盐如果超标进入待人们饮用的自来水中，会给人们的健康造成极大的威胁。最为常见的是过早诱发老年痴呆症、引起贫血症等等，这些都是水处理剂所带来的弊端，也是目前急需克服和预防的一个问题。 

　　（二）非清洁化生产 

　　当前，我国广泛使用的冷却水阻垢剂都是以磷系配方为主，而我们知道，磷的毒性极强，而且对生态平衡的破坏性也很大。在水处理的几乎每个环节中，我们都离不开这种阻垢剂，所以毒性几乎伴随着整个水生产的过程，因此，笔者认为非清洁化生产也是当前面临的另一个重大问题。 

　　除上述两个主要问题之外，水处理剂在理论基础的研究方面还不够深，对合成高分子绿色水处理剂的种类研究还不够全面，国内对多功能绿色水处理剂的研究还微乎其微，这是没有对其引起足够的重视造成的。笔者认为，要想真正把绿色水处理工艺和技术推向成熟，就必须加强上述多方面的研究，想尽一切方法来减少或避免二次污染的产生，投入科技使水生产的整个过程变得更加清洁，真正实现绿色、环保。